AlphaFold3实操,结果解读,蛋白质结构预测,分子对接与可视化实战

7月2开始连续四个晚上线上授课

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课程背景：
随着深度学习与大规模结构数据库的普及，蛋白质三维结构预测与分子对接的门槛大幅下降。本课程，覆盖从环境搭建、数据采集到建模、对接、突变设计与抗体结构预测的实战流程，强调动手与结果可复现。
课程特色：
1.每晚以一个主题+ 一个动手练习为核心，便于学员步步跟做并有产出。
2.讲解实际科研/工程中常用的线上服务与离线工具
3.紧贴前沿模型：Boltz-2 等与可直接上手的网页服务（CB-DOCK2、PDBePISA 等）。
4.包含突变影响预测与抗体建模专题，便于课后项目延伸与论文复现。

讲师简介：钱博士（北京大学，长期深耕单细胞多组学研究，发表多篇Nature子刊论文）
日程安排：7月2开始连续四个晚上线上授课

Day1晚上（19:30-20:00）
一：数据搜集
1.UniProt / PDB 数据检索技巧
2.BLAST 用法与同源检索
3.PubChem 与小分子检索
二：环境搭建：
安装pymol，（附安装包文件）与基本操作（加载PDB、展示方式等）。

Day2晚上（19:30-22:00）
AlphaFold3结果解读与结构预测
1.蛋白质结构预测（包含介绍与实操）：实操并掌AlphaFold3、ESM-fold、SWISS-MODEL等预测工具的基本使用，同时演示如何用ProteinMPNN、RFdiffusion在预测骨架上做序列设计。
2.讲解AlphaFold3 输出文件（pLDDT、PAE、PDE、pTM/ipTM、ranking 等）的含义与解读方法。

Day3晚上（19:30-22:00）
分子对接-蛋白模块
1，HDOCK、蛋白-蛋白、核酸对接,
2，PDBePISA 用于识别结合界面、计算界面面积与能量学参数的实操。
3，CB-DOCK2蛋白-小分子、金属离子对接操作流程（含分子对接可视化教学）。
4，PyMOL分子对接可视化教学

Day,4晚上（19:30-22:00）
分子对接-小分子模块：
1，CB-DOCK2蛋白-小分子、金属离子对接操作流程（含分子对接可视化教学）。
突变与影响预测：
1，突变/稳定性工具简介：PROSS、evcouplings预测突变位点、以及点突变危害性预测工具：PolyPhen-2、MutationTaster等。