系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用

2026年7月12日开班每周日全天授课/周期两个月

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课程特色：
1. 零基础递进教学：从基础理论、软件安装到高阶分析、课题设计，循序渐进。
2. 全技能覆盖：掌握bulk/单细胞多组学、空间转录组全套分析技能，搭配机器学习应用。
3. 实战资源完备：赠送全套自动化分析流程脚本，掌握零成本单细胞课题设计思路。
4. 前沿融合应用：结合DeepSeek辅助设计单细胞&空间转录组课题思路。
5. 长期学习保障：直播+录播双模式，课后可免费复听，社群长期答疑。

主讲嘉宾： 来自中科院，长期从事单细胞多组学方面的项目研究，发表Nature、Science等杂志七十多篇论文，累计引用上万次，目前承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。
日程安排：2026年7月12月开始，每周日全天授课，周期两个月。

第一天
- 上午：单细胞转录组数据分析模块及技术路线
1. 10篇经典CNS文献解读，掌握单细胞分析核心逻辑与可视化
2. 细胞亚群鉴定、拟时序、差异分析、细胞通讯等技术应用
3. 单细胞研究十大标准化分析模块梳理
4. CellMarker、PanglaoDB等常用数据库使用
5. 数据挖掘思路与问题解决实战
- 下午：R语言入门与绘图实践
内容同课程一第二天晚上，含环境配置、R包管理、语法、数据处理、主流图表绘制
第二天
- 上午：单细胞转录组数据分析实操流程
1. Cellranger软件功能与操作
2. Seurat全流程实操：质控、标准化、高变基因筛选、归一化、PCA降维、聚类
3. tSNE/UMAP可视化、Marker基因计算、细胞类型注释
- 下午：单细胞多样本整合与分析
1. DoubletFinder去除双细胞污染、核心参数调试
2. 分群、降维等参数个性化优化
3. 细胞亚群细分、组间差异基因识别
4. CCA/IntegrateLayers、Harmony算法完成批次校正与样本整合
第三天
- 上午：功能富集分析与基因集评分及可视化
1. GO/KEGG富集原理与图形解读
2. clusterProfiler、enrichR等R包实操富集分析
3. DAVID、metascape在线平台使用
4. GSEA分析流程、GSVA/AUCell等基因集评分算法
- 下午：拟时序分析方法与实操
1. monocle2/monocle3轨迹分析全流程
2. RNA速率分析、CytoTRACE分化潜能评分
3. slingshot、DiffusionMap轨迹可视化实操
第四天
- 上午：细胞通讯与代谢分析方法及实操
1. Cellphonedb、CellChat配体-受体细胞通讯分析与可视化
2. NicheNet调控网络构建
3. scMetabolism单细胞代谢通路活性分析
- 下午：转录调控网络与拷贝数变异分析
1. SCENIC转录因子分析、调控网络可视化
2. hdWGCNA单细胞共表达网络构建
3. inferCNV拷贝数变异推断与可视化
第五天
- 上午：单细胞多组学分析思路与方法
1. scRNA-seq、scATAC-seq、CITE-seq等主流多组学技术介绍
2. 多组学数据关联、整合策略
3. Seurat+Signac/ArchR实现转录组+ATAC联合分析
4. 转录组+蛋白组联合分析实操
- 下午：机器学习基础理论及Python语言介绍
1. 机器学习分类、经典模型及在组学中的应用
2. Python、Jupyter Notebook环境搭建
3. Python基础语法、数据结构、文件操作、函数编写
第六天
- 上午：空间转录组技术及分析内容
1. 10X Visium、Xenium、CosMx等主流空间转录组平台对比
2. 15篇CNS空间转录组文献解析
3. 反卷积、生态位、拟时序、细胞通讯等核心分析模块总结
4. Seurat、Squidpy、Cell2location等工具汇总
- 下午：空间转录组Seurat分析及单细胞联合分析实操
1. Space Ranger软件操作与结果解读
2. Seurat降维、聚类、空间基因表达可视化
3. 单细胞与空间转录组数据整合、细胞类型映射
4. 多样本联合分析与可视化
第七天
- 上午：空间转录组Scanpy与Squidpy分析及可视化
1. Scanpy数据导入、质控、降维、聚类、差异基因分析
2. Squidpy图像量化、邻域富集、空间差异分析
- 下午：空间转录组细胞反卷积及差异基因分析
1. scTransform标准化、Tangram数据整合
2. RCTD、CARD、Cell2location细胞反卷积实操
3. SpatialDE、trendsceek等空间差异基因工具使用
第八天
- 上午：空间转录组轨迹、共定位、hdWGCNA及CNV分析
1. SPATA2、stlearn空间轨迹分析
2. mistyR细胞共定位分析
3. 空间转录组hdWGCNA网络构建、SPATA2实现CNV分析
- 下午：空间转录组细胞通讯分析
1. CellChat、NicheNet、CellPhoneDB、COMMOT、stlearn多款工具通讯分析与可视化
第九天
- 上午：空间转录组细胞生态位及分子生态位分析
1. 基因/细胞/生态位矩阵介绍
2. Banksy生态位聚类、Seurat/ISCHIA细胞niche分析
3. nicheDE生态位差异分析
- 下午：Visium HD、Xenium、CosMx数据分析与案例复现
1. Seurat、Scanpy、Squidpy适配多款高分辨率空间平台数据
2. RCTD双模式反卷积实操
3. 完整案例代码复现